本发明公开了一种集成超短基线系统的UUV集群协同定位方法。本发明方法包括：主从UUV内部时钟驯服；主UUV融合INS和DVL数据，周期性将自身位置和位置估计协方差矩阵打包成协同定位数据报文广播给集群中的从UUV；从UUV接收协同定位报文，提取所需的协同定位数据和USBL定位数据；从UUV建立结合状态向量，根据距离测量构建测量方程，利用扩展卡尔曼滤波进行位置更新，得到更新后的从UUV位置；从UUV的USBL阵列与处理模块利用USBL定位数据计算输出USBL定位结果，并利用从UUV定位结果进行第二级滤波处理，完成协同定位。本发明方法采用两级滤波处理设计，提升集群整体的定位性能。