本申请涉及材料制备技术及射频器件领域，特别涉及一种薄膜衬底结构和声学滤波器。薄膜衬底结构包括：支撑衬底、界面层、绝缘层和功能层；所述支撑衬底具有相对的第一表面和第二表面，所述界面层位于所述第二表面上；所述绝缘层位于所述界面层远离所述支撑衬底的一侧表面上；所述功能层位于所述绝缘层远离所述支撑衬底的一侧表面上；所述界面层具有深能级缺陷和预设禁带宽度中的至少其一。本申请通过界面层具有深能级缺陷和预设禁带宽度中的至少其一对器件的费米能级起到钉扎作用。有效抑制了工作于高频时支撑衬底的表面局部电导效应，并且抑制了高次谐波产生，优化了器件的线性度。