本申请涉及射频器件制备技术领域，特别是涉及一种异质薄膜衬底、其制备方法和滤波器。方法包括：提供支撑衬底，所述支撑衬底具有相对的第一表面和第二表面，所述第二表面为粗糙面；在所述第二表面上沉积缺陷层；所述缺陷层朝向所述支撑衬底的一侧表面和远离所述支撑衬底的一侧表面均为粗糙面；在所述缺陷层远离所述支撑衬底的一侧表面上形成绝缘层；对所述绝缘层进行抛光处理；在所述绝缘层远离所述支撑衬底的一侧表面上形成压电层，得到所述异质薄膜衬底。本申请通过设置缺陷层朝向支撑衬底的一侧表面和远离支撑衬底的一侧表面为粗糙表面，通过缺陷层的粗糙表面可以散射传播至此的体声波，解决了滤波器中的界面声波能量反射问题。