本申请涉及一种异质薄膜衬底的制备方法和滤波器。包括：提供薄膜转移衬底，所述薄膜转移衬底具有相对的第一表面和第二表面；对所述薄膜转移衬底进行离子注入，以在所述薄膜转移衬底内形成注入损伤层；所述离子注入的方向为自所述第一表面至所述第二表面；提供支撑衬底，所述支撑衬底具有相对的第三表面和第四表面；将所述支撑衬底的所述第三表面与所述薄膜转移衬底的所述第一表面键合，得到键合衬底；对所述键合衬底进行热处理，在所述热处理过程中对所述键合衬底施加预设大小的形变限制压力，以使所述键合衬底沿所述注入损伤层进行剥离，得到所述异质薄膜衬底。本申请通过预设大小的形变限制压力，保证键合衬底在剥离时，转移薄膜层的完整性。