本发明提供了一种透射电镜截面样品的制作方法。由于本发明提供的制作方法在对平面样品进行刻蚀之前，先在其待刻蚀的表面上形成了一定厚度的过渡保护层，从而利用该过渡保护层作为后续刻蚀工艺的有效支撑，进而实现了在刻蚀过程中由于形成的透射电镜截面样品的形状特殊，而造成的透射电镜截面样品容易发生弯曲的问题。并且，由于本发明提供的透射电镜截面样品的制作方法是对平面样品的底部表面进行刻蚀，以形成截面样品，从而可以利用平面样品的底部表面只具有材料单一的半导体衬底的形成，避免了现有技术中由于离子束因切割不同材质造成的窗帘效应，而降低了TEM影像质量的问题，即，最终提高了半导体芯片失效分析的准确性和高效性。