本公开提供一种透射电镜样品的制备方法及装置。本公开的透射电镜样品的制备方法包括：制备预设尺寸的掩模板；将所述掩模板叠放于半导体样品表面的第一区域；利用聚焦离子束切削减薄所述半导体样品表面的第二区域，所述第二区域与所述第一区域相邻，以获得具有特定薄区的透射电镜样品。该方案的优点在于：在聚焦离子束切削样品时采用掩模板进行保护，可以控制新产品研发过程中聚焦离子束切削产生的波纹状损伤。采用该方法制作的透射电镜样品无波纹状损伤，质量高，从而改善了欲分析样品的图像质量，降低了分析周期，提高了研发效率。