本发明提供一种原位透射电镜加热芯片及其制备方法，原位透射电镜加热芯片包括：基底，中部开设有通孔，外周设置有多个定位孔；薄膜绝缘层，薄膜绝缘层对应通孔的外周设置有隔热凹槽；加热电阻层，设置于薄膜绝缘层的顶部，加热电阻层盘绕在通孔的边缘。本发明提供的原位透射电镜加热芯片及其制备方法，通过设置通孔，减少了加热电阻层的加热体积，降低了原位透射电镜加热芯片的加热功率，减少了加热过程中芯片产生的热漂移，使得透射电镜成像更加稳定清晰；超大视场范围用于试验观察，制样更加简单、方便；隔热凹槽有效约束了加热电阻层的温度扩散，使温度尽可能集中，减少加热电阻层在加热过程中对外部电镜配件的热影响。