本发明提供一种航空发动机缺陷检测方法及系统，方法包括：对标准航空发动机进行三维扫描，获取所述标准航空发动机的三维模型和各个采集视角下的标准二维图像；对待检测的航空发动机进行定位得到所述待检测的航空发动机与所述标准航空发动机的相对位置关系；根据所述相对位置关系采集与所述标准航空发动机的所述采集视角相对应角度的所述待检测的航空发动机的二维图像；与所述标准二维图像进行比对，从所述待检测的航空发动机的二维图像中筛选出缺陷图像，确认所述缺陷图像对应的区域是否为缺陷区域。对发动机在调装过程中存在的错装、漏装、多装和位置不匹配等缺陷进行快速、有效检测。