本申请提供了一种神经网络模型训练方法和装置、冷冻电镜密度图分辨率估计方法和装置、计算机设备，以及存储介质，解决了现有技术中冷冻电镜密度图的分辨率估计算法输入数据不易获得、计算时间长的问题。神经网络模型训练方法包括：基于第一目标冷冻电镜密度图确定掩膜值、局部分辨率波动值和全局分辨率值，第一目标冷冻电镜密度图标注有掩膜值标签、局部分辨率波动值标签和全局分辨率值标签；基于掩膜值、局部分辨率波动值和全局分辨率值对神经网络模型进行训练，以使掩膜值趋近于掩膜值标签、局部分辨率波动值趋近于局部分辨率波动值标签、全局分辨率值趋近于全局分辨率值标签。