本发明提出一种基于深度学习的冬小麦遥感识别分析方法和系统。其中，方法包括：创建多边形区域的标签矢量文件，将标签矢量文件转化成栅格文件，生成方形矢量数据，利用方形矢量数据，批量裁剪多边形区域的五个生育期的中值合成影像和栅格文件，并调其大小，得到训练数据集、验证数据集和测试数据集；以每个生育期的训练数据集和验证数据集作为输入对语义分割模型进行训练，并对各个生育期的测试集进行分类。生成各个生育期的冬小麦空间分布图，并进行冬小麦空间制图与面积提取。本发明提出的方案，基于语义分割分类方法，总体精度高，分类效果好，其中拔节抽穗期冬小麦遥感识别精度最高。深度学习方法拔节抽穗期研究区的冬小麦面积提取精度高。