本发明公开一种结合通道选择与位置优化的目标跟踪方法及系统，涉及目标跟踪领域，方法包括：获取待跟踪的视频序列；根据所述待跟踪的视频序列利用CNN网络模型进行特征提取，得到卷积特征；所述卷积特征包括第三卷积特征、第四卷积特征和第五卷积特征；根据所述卷积特征依次进行梯度计算、通道选择和互相关操作，得到第一目标响应图；根据所述第一目标响应图确定目标初次定位位置和峰值旁瓣比；根据所述目标初次定位位置和所述峰值旁瓣比进行位置优化，得到目标最终定位位置。本发明兼顾跟踪精度和速度，解决目标发生大幅形变或低分辨率等场景下发生跟踪漂移的问题。