本发明涉及一种两档变速箱控制系统、换挡控制方法及纯电动工程车，涉及纯电动工程车技术领域，包括第一电机、第二电机、输入轴、输出轴、控制单元、行星轮系及换挡机构；第一电机的转子和第二电机的转子之间固定连接，第二电机的输出轴和输入轴连接，在输入轴和输出轴之间设置有行星轮系和换挡机构，输出轴和行星轮系连接；第一电机和第二电机通过输入轴将动力传输至换挡机构，换挡机构将动力传输至行星轮系，行星轮系将动力传输至输出轴输出；控制单元和第一电机、第二电机以及换挡机构连接。其优点在于，可以有效实现同步器以较小速差同步结合，同步时间短，有效降低换挡过程中动力中断时间，提高整车换挡成功率及平顺性。