本发明涉及一种红曲发酵富含短链脂肪酸虫草饮品及制备方法。本发明提供了一种富含短链脂肪酸功能饮品，该饮品内不含化学防腐剂、化学色素、化学香精，没有其他醋或果醋饮料产品中的刺鼻或割喉的感觉，口感非常醇厚，同时该饮品改善人的酸性体质，其中含有红曲醋，具有降血脂、降血压、降血糖、抗肿瘤、抗疲劳、增强免疫力等广泛的药理作用，而含有的低聚果糖作为双歧杆菌促生素，不仅使产品附加上低聚果糖的功能，而且克服原产品的某些缺陷，为人体肠道中的活菌提供营养源，增强活菌作用，添加于食品中，改善产品的口味，降低食品的热值，较难引起血糖升高，满足目前市场对饮品的需求。