本发明涉及水质监测，具体涉及一种走航式地表水总磷测量方法及系统，打开智能无人船船上电源系统，检查智能无人船及总磷检测设备状态是否正常；规划走航路线，并设置走航船速；智能无人船启动走航模式，按照设定走航路线、走航船速自动航行；总磷检测设备启动总磷连续测样模式；对当前测量值与检测位置进行对齐处理；将对齐处理后的数据保存至船载工控机和云服务器；走航结束，停止连续测样，待消解室内水样处理完毕后断开电源；基于原始数据在地图上生成反映总磷空间分布的热力图，并生成总磷分布报告；本发明提供的技术方案能够克服无法满足地表水总磷参数在时间、空间上的密集监测需求，以及无法精确判断异常测量数据具体位置的缺陷。