本申请实施例涉及自参考和自校准干涉图案叠加测量。两对对准标靶(一对对齐，另一对错位一偏置距离)形成在不同的掩模上以产生第一对共轭干涉图案。另一对对准标靶也形成于掩模上以产生相较于该第一对倒置的第二对共轭干涉团。当使用该掩模所形成的图案被覆盖时，两对共轭干涉图案中的该第一干涉图案和该第二干涉图案的暗区与亮区的失准被确定。计算一放大系数(该干涉图案失准对该标靶失准的放大系数)，以作为该干涉图案对中的相对暗区和相对亮区的失准的差值相对于两倍该偏置距离的比率。该干涉图案失准除以该放大系数以产生一自参考且自校准标靶失准量并予以输出。