本发明公开了一种跨介质海底自钻式航行器，其属于航行器技术领域，包括机头、机身和机尾，机头包括转轴、刀头和振动器，刀头与转轴固定连接，振动器设置于刀头上；机身与机头连接，机身内设置有进流系统和加压系统；机尾与机身连接，机尾远离机身的一端设置有主喷口，进流系统和加压系统能够将机头处的流体吸入、加压并从主喷口喷出。从水介质向沉积物介质中跨越时，转轴带动刀头旋转，再通过振动器的振动，使沉积物发生破坏和软化，通过进流系统将碎屑流向机身内部运移，再通过加压系统加压，使得碎屑流从机尾的主喷口喷出，从主喷口向后喷出的碎屑流能够为航行器提供向前航行的动力，实现在两种介质的分界面跨越。