本发明涉及OCTA图像的三维皮层表面分割方法及系统，包括：对OCTA图像双边滤波得到滤波后图像；去除滤波后图像中的盖玻片得到目标三维图像；以目标三维图像正中间的二维纵向剖面作为起始平面，分割皮层边界得到起始平面的边界分割线；以起始平面为基准，往前后两侧依次选取预设厚度的三维图像数据块，直至将整个目标三维图像划分完毕；以靠近起始平面的三维图像数据块开始，结合起始平面的边界分割线，依次从内向外计算各三维图像数据块的皮层边界并组成稀疏的皮层表面；对稀疏的皮层表面进行平滑处理得到稀疏的目标皮层表面；对稀疏的目标皮层表面扩充得到密集的三维皮层表面。本发明无需手动分割皮层表面，且三维皮层表面分割精度高。