本发明公开了一种改善肉鸭饲用益生菌剂及其制备方法，包括混合菌液、氨基酸混合液以及复合载体，所述混合菌液为以贝莱斯芽孢杆菌、醋酸钙不动杆菌、乳酸菌、肠球菌按照一定比例混合的菌液，所述氨基酸包括粮赖氨酸、蛋氨酸、胱氨酸及苏氨酸，所述复合载体为沸石粉与膜发酵菠萝渣粉的混合物。总体制备方法包括：将混合菌液先与膨化玉米粉混合，再与氨基酸混合，最后与复合载体混合。饲料混合比例与肉鸭成长所处的时期有关。与当前普遍采用的技术相比，该益生菌剂在肉鸭的饲养中，具有调节肉鸭肠道微生态平衡、促消化吸收、提高免疫力等功能，且针对不同生长周期的肉鸭采用不同的饲料混合比例，提高了饲料利用率。