本发明提供了一种用于电子器件的高速瞬态热仿真方法及系统，属于电子器件高速瞬态热仿真技术领域，根据获取的电子器件参量数据，计算电子器件产热量、内能增量以及散热量之间的动态弱平衡关系，进而得到电子器件工作温度与时间的函数关系，通过极限求解算法得到弱平衡态时电子器件的瞬态温度曲线的波谷温度数值，通过加载恒温热源的方式设置初始温度，仿真计算第一预设个数的周期后，得到初始温度场，利用第二预设个数的脉冲应力周期的运算，得到电子器件的高速瞬态温度变化；本发明不仅可有效获取电子器件的高速瞬态温度变化，且避免了动态温度平衡前的超千万次周期的运算过程，极大程度降低了仿真时间和运算成本。