本发明公开了一种提取南瓜籽油及南瓜籽蛋白的方法，其目的是提供一种提取富含亚油酸南瓜籽油和富含精氨酸南瓜籽蛋白的方法。本发明的提取南瓜籽油及南瓜籽蛋白的方法，包括以下步骤：1)以发芽的南瓜籽为原料，进行磨浆，酶解；2)将酶解得到的油水混合物进行分离，油相为南瓜籽油，水相为南瓜籽蛋白溶液。本发明的方法采用发芽的南瓜籽作为原料，提高了南瓜籽的有效成分，有效去除南瓜籽中的抗营养因子，较好地保持了南瓜籽蛋白和南瓜籽油的功能成份的稳定性。本发明的方法解决了同时高效提取南瓜籽中多种有效成分的技术工艺问题，生产设备投入少，工艺简短，易于工业化。