本发明属于大豆深加工技术领域，具体涉及一种功能性大豆肽的工艺，本发明采用低温脱脂豆粕为原料，用蛋白酶和微生物复合水解大豆蛋白，并在生产中加入枯草杆菌，提供了一种含有纳豆激酶的功能性多肽产品。本发明生产成本低，工艺简单，产品的苦味明显降低，并且所得产品不但保持了大豆肽原有的易消化吸收、低抗原性、降低胆固醇和血压、调节人体生理机能等显著的优点，同时还具备了纳豆激酶防止骨质疏松症，抗菌、消毒，预防高血压，抗癌，抑制高血糖，防止脑老化以及整肠的功效，在食品、医学、日用化工等领域具有开发前景。