本发明公开了一种微镜控制系统，该系统包括被构造成支撑微镜控制系统的底层，并包括在第一端处连接于底层且被构造成围绕轴线转动的止挡板。该微镜控制系统还包括在底侧上通信地连接于止挡板的微镜，并包括被构造成反射光的反射顶侧。止挡板围绕轴线转动成与微镜接触的转动被构造成调节微镜的方位。一方面，该微镜控制系统还包括致动装置，该致动装置通信地连接于止挡板，并被构造成控制止挡板围绕轴线的转动。本发明的优点包括对离散控制微镜的转动和平移进行精密控制的能力。