本发明公开了一种燃料电池混动车的控制方法，所述控制方法包括燃料电池混动车的模式设置以及状态设置，具体包括获取模式档位信号、获取自检状态信号、判断动力电池容量值、判断动力电池最大允许充电功率等步骤，所述控制方法还包括根据故障信号进行状态设置以及获得电机回馈目标功率。本发明根据动力电池的容量调整燃料电池混动车的供能来源，由此实现燃电系统开启和关闭状态下的平缓过度，避免了动力电池容量值快速跌落而燃电系统剩余氢气量仍较多，或者是动力电池容量值持续处于较高状态导致燃料电池系统频繁启停，从而延长了电堆的使用寿命。