本发明提供一种存储器系统及其操作方法。存储器系统包括：半导体存储器装置，包括多个半导体存储器，并响应于接收到的多个内部命令而操作；以及控制器，响应于从主机接收的多个命令而生成多个内部命令并对多个内部命令进行排队，并且生成并存储主位图，该主位图包括关于针对排队的多个内部命令中的内部命令，在半导体存储器装置中未被执行的未执行操作的信息。当从主机接收到清除命令时，控制器使用当前主位图生成与清除命令对应的清除位图，并且如果半导体存储器装置完成未执行操作，则清空清除位图。