本发明的一种非标准型离散时间非线性系统的自适应控制方法及系统，包括基于非标准型离散时间非线性系统构建其输出动态模型；引入辅助参数信号；引入估计误差，并基于估计误差设计自适应更新律来获得未知参数的估计值；对未来t+1时刻，利用上述已得参数和估计值来获得系统的输出信号估计值和系统状态估计值；建立跟踪参考输出信号的辅助方程，并求解得到自适应控制律；分析系统闭环稳定性和跟踪性能。本发明首先利用反馈线性化和隐函数理论来构造依赖于相对阶的标准型，然后提出基于自适应参数重构的方法来处理动态输出中线性和非线性参数的不确定性，最后构造一个关键隐函数方程来获得自适应控制律以保证系统闭环稳定性和和渐进输出跟踪。