本发明提供一种外差光纤干涉仪位移测量系统及方法，其中的系统包括同时发射测量光和参考光的激光光源组件、基于第一单模光纤依次设置在测量光的光路上的第一光电探测器、第一光纤耦合器、光纤套圈、平凸透镜、第一偏振分光棱镜和反射装置，以及基于第二单模光纤依次设置在参考光的光路上的第二光电探测器、第二光纤耦合器、准直器、第二偏振分光棱镜和反射装置；其中，待测物体固定在反射装置上；对参考光和测量光进行处理，形成测量信号及参考信号，并根据测量信号及参考信号确定待测物体的位移信息。利用上述发明能够实现高精度的位移检测。