本申请公开了一种自主巡航式监测装置，包括双体船、两移动吊舱、第一监测器和第二监测器。其中，双体船包括连接平台和两单体船身，两单体船身的底部均开设有安装槽位；两移动吊舱分别安装于两单体船身中，移动吊舱包括吊舱本体，吊舱本体中开设有容纳腔；吊舱本体和单体船身可拆卸连接；吊舱本体位于安装槽位中；吊舱本体的内侧面、外侧面和底面分别与单体船身的内侧面、外侧面和底面相平齐；第一监测器安装在其中一个容纳腔中，第二监测器安装在另一个容纳腔中。本申请中，由于是对现有的双体船进行改造，因此不会破坏原双体船的流体外形及巡航特性，能灵活在小面积水域中航行从而解决现有技术针对小面积水域只能固定点检测，成本高的缺陷。