本发明提供了一种用于无人船的自主巡航系统及控制方法，系统包括能够相互通讯的船载巡航控制子系统和地面监控站子系统；所述船载巡航控制子系统安装在无人船上，所述船载巡航控制子系统用于接受工作指令，获取水域地图和巡航路线，控制无人船进行自主巡航作业；所述地面监控站子系统设置于陆地，用于显示水域地图、设定巡航路线、向无人船发送工作指令以及监控无人船工作状态。方法包括：在系统初始化后，通过船载巡航控制子系统控制外围电路进行各项数据采集并传输至地面监控站子系统，完成对无人船初始状态的标定和目标巡航路线设定，通过地面监控站子系统向船载巡航控制子系统下达自主巡航启动指令；操控无人船进行水面自主巡航作业。