本发明提供了一种胶囊内窥镜的磁控活检机构，包括固定基座、定子永磁体、活检工作头、动子永磁体、移动基座和保护壳，其中，所述固定基座、定子永磁体、活检工作头、动子永磁体、移动基座均位于所述保护壳之内，所述固定基座固定在胶囊内窥镜的外部。本发明的有益效果是：本发明提供的磁控活检机构，外置于磁驱动胶囊内窥镜表面，结构简单，易于装拆，无需更改现有结构，增加采样功能；驱动能量全部由外磁场远程提供，无需内置电池，减小对人体的损害；装置可以通过多次施加外磁场，反复进行采样活检操作，提高采样成功率；活检工作头从轴向伸出，增大了采样范围，易于位于胶囊头部的摄像头和外磁场配合，更好的观察采样过程。