本发明涉及一种自主重构和人工干预重构相结合的无人机集群重构系统，包括：自主重构模块，用于根据获取到的无人机集群中各无人机自身的信息和外部威胁信息等，自动计算得到自主重构结果；人工重构模块，用于接收地面控制站的人工干预重构指令，根据指令得到人工重构结果；重构决策管理模块，用于依据策略选择模型对自主重构结果和人工重构结果进行余度决策，确定控制无人机集群系统执行重构的重构结果；上述各模块均位于无人机集群系统中每一架无人机内。上述无人机集群重构系统可以保留自主重构技术的快速性，还可以降低目前自主重构技术不成熟可能导致的风险，兼顾人工重构的可靠性和自主重构的快速性。