本发明公开了一种基于无人机的结构动位移测量方法及系统，结合无人机的机动性优势可实现大型结构近距离的快速位移测量，方法包括：将黑白靶标贴于待测结构表面，架设静止的激光灯射于靶标附近，调整无人机至合适位置并拍摄视频，通过对视频逐帧图像处理和计算，得到靶标与光斑间的距离，并按时间序列排列，从而得到结构的动位移。本发明的测量方法通过实时检测人工靶标的尺度信息计算无人机距离结构表面的实时位置换算关系，通过圆检测方法检测人工靶标与光斑，将标记的中心点与固定的激光投射点作差得到像素相对位移，通过比例换算获得结构的物理动位移。本发明能够切实有效地实现大型结构近距离动位移快速测量与分析，具有广阔的应用前景。