本申请公开了一种掩模版缺陷无痕去除方法、装置、设备及其存储介质，该方法包括：对刻蚀后的掩模版进行缺陷检测，得到掩模版上的若干个缺陷的位置信息和尺寸信息；根据各缺陷的尺寸信息确定第一脉冲频率；根据第一脉冲频率选用去除需要的激光器；通过去除需要的激光器对缺陷表面感光胶进行定点去除；通过刻蚀液对已去除感光胶的缺陷进行定点刻蚀。本申请提供的上述技术方案，不会对感光胶下的缺陷金属层和玻璃基板进行作用，因为材质不同于金属层，感光胶在受激光作用后蒸发并不会继续沉积，最后通过刻蚀液对已去除感光胶的缺陷进行定点刻蚀，不存在影响基板光透率和相位差的印痕。