本发明涉及益生菌发酵技术领域，具体涉及一种益生菌发酵果泥及其制备方法。所述制备方法步骤包括：水果挑选→去皮去核→切块→护色→软化→打浆→果泥→调配→杀菌→接种→发酵→成品冷藏，所述制备方法利用果泥进行发酵，加入酶类物质来分解果泥中的大分子物质，既能最大程度利用果肉，也保留了水果的原始风味和营养价值，其营养成分得到良好的保留和细化，特别是果泥中丰富的维生素、多酚、多糖和各种有机酸及其他成分，极大地增强了营养、保健作用和风味特征。所述制备方法制得的益生菌发酵果泥酸甜适合，香味清新。