本发明提供一种用于制氢反应器的供热结构、温度协调控制方法及系统，所述方法包括：根据预存的制氢工艺控制过程，确定目标供热区当前所处的温度控制阶段，并基于所述温度控制阶段得到热量需求量；获取所述目标供热区的当前温度和当前温度变化趋势；基于所述热量需求量、所述当前温度和所述当前温度变化趋势，向所述目标供热区和/或协同供热区发送温控指令；所述协同供热区为所述至少两个供热区中除所述目标供热区以外的至少一个供热区。解决了反应器温度控制稳定性差的问题，提高了温控效果和温控稳定性。