本申请公开了一种数字PCR微腔芯片及制备方法，该数字PCR微腔芯片包括：基底、第一键合层以及第二键合层，基底的正面设置有多个微腔结构，基底的背面设有与微腔结构连通的流道，第一键合层与基底的正面键合，第二键合层与基底的背面键合。该制备方法，包括如下步骤：在基底的正面进行微腔结构图形光刻；刻蚀出微腔结构；在基底的背面进行流道图形光刻；刻蚀出流道；在基底的正面和背面分别键合第一键合层和第二键合层。本申请通过在基底的双面分别设置微腔结构以及流道，保留了微腔芯片式的优势，液滴分样方便，便于实现高通量自动化数字PCR系统开发；本申请提出的双面刻蚀的工艺既可保证流道和微腔结构的制备精度，而且制备方法简单，容易实现。