本发明提供一种电力系统缺失数据填补方法及系统，包括，根据预设的时间间隔采集目标园区内每组用户的用电负荷数据，并调取随机产生的缺失值，得到用电负荷样本集；分别采用预设的均值填补法、EM填补法、回归填补法对所述用电负荷样本集数据进行数据填补，得到相应的第一填补序列、第二填补序列及第三填补序列；分别确定对应的第一均方误差、第二均方误差及第三均方误差；根据预设的筛选条件进行筛选，得到筛选结果；根据所述筛选结果计算填补权重，并根据所述填补权重对所述用电负荷样本集数据进行数据填补，得到的填补序列。本发明构建一种混合式数据填补方法，在保证误差较小的基础上，比单一填补方法更具有通用性和稳定性。