本发明提供了一种低豆腥味速溶大豆分离蛋白的制备方法，包括如下步骤：大豆蛋白碱浸提液、植酸酶和微生物活化液混合处理，得到微生物处理蛋白液；将微生物处理蛋白液加入酸调节pH值，搅拌，固液分离，得到蛋白凝乳；将蛋白凝乳和水混合，破碎洗涤、离心分离，得到水洗蛋白凝乳；将水洗蛋白凝乳和水混合，分散，加碱调节pH值，得到大豆蛋白溶液；将大豆蛋白溶液杀菌闪蒸、高压均质、干燥、得到大豆分离蛋白基础粉；向大豆分离蛋白基础粉喷涂造粒液，即得。本发明采用微生物对大豆蛋白浸提液进行脱腥处理；同时，对蛋白凝乳使用工艺水进行二次洗涤，从而减少豆腥味。采用使用造粒液对大豆分离蛋白粉体进行喷涂处理，改善产品的溶解分散性能。