本发明公开了一种计数池深度标定方法及系统、智能终端与存储介质，该方法包括将待检测计数板放置于测试平台上；在待检测计数板上预设计数池的待检测点位置；对计数池的待检测点所在深度进行测量，获取待检测点对应的计数池深度；计算各个计数池的平均深度值；将计数板上各个计数池的深度值信息与标识码一一对应。本发明通过在各个计数池内预设多个待检测点位置，配合利用白光干涉仪对各个待检测点对应的计数池深度进行测量，进而计算得到单个计数池对应的平均深度值，有效提高了计数池深度标定值的准确度，避免了计数板在生产阶段的生产偏差而导致后续对细胞浓度计算的不准确性。