本发明公开了一种BAW滤波器结构及制备方法，涉及射频滤波技术。针对现有技术中应力问题导致不能工业化生产而提出本方案，将相互独立的压电薄膜单元生成于外延衬底表面得到转移结构体；在支撑衬底上设置谐振区域并覆盖键合单元得到键合结构体；将转移结构体上下表面翻转，令底电极单元与谐振区域一一对应键合得到BAW结构体；去除外延衬底，在压电薄膜单元原本与外延衬底接触的表面生成顶电极单元。优点在于，因为结构简单、工艺简单、隔离度高、应力问题极小，使在批量生产的时候实现成本低、效率高、良率高，适合应用于工业化生产中，以及尤其适用于单晶薄膜器件的工业化制作。