本发明公开了一种顶部与侧面协同拦截的飞行器制导方法、装置及系统。其中，该方法包括：在第一阶段，在偏航通道，基于动态逆的控制方法生成时间控制制导律，其中，所述时间控制制导律用于针对不同的指定攻击时间在所述偏航通道上进行机动来补偿过多的剩余时间；在俯仰通道，基于角度约束制导律对所述飞行器的角度进行控制；在第二阶段，基于李亚普诺夫稳定性来生成满足攻击角度约束的三维制导律，并基于所述三维制导律对目标的顶部与侧面进行协同拦截，其中，所述三维制导律仅用于对所述飞行器的角度进行控制。本发明解决了相关技术中难以实现时间与落角约束下俯仰和偏航通道协同拦截的技术问题。