本公开是关于一种套刻误差补偿方法、系统及装置、电子设备以及计算机可读存储介质，涉及半导体生产制造技术领域。该方法包括：确定组合光刻层组，组合光刻层组包括多个目标光刻层；对多个目标光刻层中的初始图形进行曝光处理，得到多层曝光图形，多个目标光刻层中的初始图形均具有相同的对准标识；对多层曝光图形进行套刻精度量测，确定每层曝光图形的套刻量测误差；根据多个套刻量测误差确定下一批次的组合光刻层组对应的图形的误差补偿值，根据误差补偿值进行套刻误差补偿。本公开可以利用具有相同对准标识的多道光刻层进行套刻误差补偿行为一致的特点，优化套刻误差补偿方式，以达到减少套刻误差补偿量测和缩减生产周期的效果。