本发明实施例提供一种套刻误差的补偿方法及装置，方法包括：针对当前批次的晶圆，按照预先设置的区域划分规则将所述当前批次的晶圆划分为n个区域，所述n值为大于1的整数；针对不同区域，利用对应的套刻误差补偿值计算模型确定每个区域的套刻误差补偿值；对所述当前批次的下一批次晶圆进行光刻时，利用所述n个区域的套刻误差补偿值分别对所述下一批次晶圆的相应区域的曝光区域进行补偿，其中，所述下一批次晶圆的划分区域所述当前批次晶圆的划分区域相同；如此，对晶圆进行区域划分，针对不同区域确定出对应的套刻误差补偿值，这样确定出的套刻误差补偿值更符合不同区域在光刻时的实际形变，因此可以提高补偿精度，进而确保了晶圆的质量。