本发明涉及一种套刻测量装置。更详细地，涉及一种具备使用彼此不同的波长的光源的自动对焦(Auto focus)系统的套刻测量装置。本发明提供一种套刻测量装置，其测量分别形成于晶圆的彼此不同的层的第一套刻标记与第二套刻标记之间的误差，所述套刻测量装置包括：第一光源，其照射第一光束；第一检测器，其获取出自所述第一光源并在所述晶圆的测量位置反射的所述第一光束的信号；第二光源，其照射波长不同于所述第一光束的第二光束；第二检测器，其获取出自所述第二光源并在所述晶圆的所述测量位置反射的所述第二光束的信号；物镜，其将所述第一光束和所述第二光束集光于所述晶圆的所述测量位置，并收集在所述测量位置反射的光束；致动器，其调节相对于所述晶圆的所述物镜的光轴方向的相对位置；控制单元，其控制所述致动器；以及高度检测单元，其基于对应于相对于所述晶圆的所述物镜的所述光轴方向的相对位置的变化的所述第一检测器的信号的变化检测所述第一套刻标记的高度，并基于对应于相对于所述晶圆的所述物镜的所述光轴方向的相对位置的变化的所述第二检测器的信号的变化检测所述第二套刻标记的高度。