本发明公开了一种基于注意力机制的微生物菌落分割方法，1:菌落培养后拍摄菌落图像，获取菌落数据集D，划分为训练集、验证集、测试集；2:使用数据增强的方法对预输入的图片进行处理；3:设计注意力机制模块CSA，并将其嵌入到高分辨率卷积神经网络中，形成深度卷积神经网络模型；4:通过加载预训练的网络模型参数对卷积神经网络进行参数初始化，每层的神经元根据误差对网络结构中的参数进行更新；5:每一次训练结束后，使用验证集对网络模型进行验证，并保存其准确率最高的模型参数作为最优模型；6:在测试集上对最优模型进行测试，并将菌落语义分割结果图输出。本发明方法的菌落边界更加接近真实情况，而且准确率也更高。