本发明公开了一种基于异构集成的硬盘故障预测方法及系统。该方法包括：构建异构集成模型；所述异构集成模型包括自编码器模型和双层长短期记忆网络模型；将待预测硬盘数据输入至训练好的异构集成模型中，得到第一异常分数和第二异常分数；所述第一异常分数为所述自编码器模型的输出结果，所述第二异常分数由所述双层长短期记忆网络模型的输出结果确定；对所述第一异常分数和所述第二异常分数加权求和，得到最终异常分数；通过比较所述最终异常分数和分数阈值确定待预测的硬盘是否存在故障。本发明硬盘数据的异常分数同时考虑了重构误差和预测误差，从而能够提升硬盘故障的预测率。