本公开提出了一种柔性手术机器人系统及其控制方法，包括成像装置、支撑装置、操作装置及手术工具组件，所述支撑装置上同时搭载成像装置和手术工具组件；所述操作装置分别与成像装置和手术工具组件通信连接，操作装置用于根据接收的操控信号控制成像装置和手术工具组件协同工作。本公开设置的支撑装置能够实现成像装置和手术工具的稳定支撑并提供统一的坐标系，提高装置动作过程中的稳定性，避免抖动。操作装置根据操作者的操控信号对成像装置和手术工具协同控制，能够提高机器人工作的协调性，为实现成像装置和手术工具动作的精确度提供基础。