本发明公开了一种机器人柔性装配控制方法及系统，方法包括：对从自由空间控制到约束空间切换时的机器人末端安排过渡过程以降低冲击力；将机器人末端进行装配移动，记录移动初始点和移动末尾点；通过进行自适应阻抗控制来调整机器人末端的位移，以减少机器人末端在X轴和Y轴方向的受力；根据移动初始点和移动末尾点位置之间的位置差值得到装配距离；当所述装配距离等于设定距离，且机器人末端在Z轴上的接触力大于设定的阈值，机器人末端X轴和Y上的接触力为0时，则认为装配成功。系统包括安排过渡模块、控制模块和自适应阻抗控制模块。本发明能够降低机器人末端与工件表面的冲击力度，提高装配精度。本发明主要用于机器人领域。