本发明公开了基于互联网的质谱标本数据管理系统，包括数据采集模块、数据加密模块、登录注册模块、质谱管理模块和服务器；数据采集模块包括多个质谱标本采集终端，主治医生根据质谱标本采集终端的质谱标本检查报告得出诊断报告，将质谱标本检查报告和诊断报告上传服务器并储存；质谱管理模块用于接受服务器传送的质谱标本检查报告和诊断报告形成患者病理报告，并通过数据加密模块对患者病理报告进行加密保证患者的私密性；登录注册模块包括在先采集单元，在先采集单元对加密后的患者病理报告进行提取；提取的顺序为优先提取患者病理等级程度最高的患者病理报告或系统中被调用次数最多的患者病理报告或系统中最新储存的患者病理报告。