本发明公开一种结合微流控技术的巨磁阻传感器及其制造方法与应用，自上而下包括上盖、光刻胶层和巨磁阻芯片底片，上盖设有流体入口和流体出口，光刻胶层包括第一光刻胶层和第二光刻胶层，第二光刻胶层设置在第一光刻胶层内部，且第一光刻胶层与第二光刻胶层之间形成环形镂空，环形镂空内设有粘胶，第二光刻胶层上设有两个通孔，两个通孔之间连通形成检测区，流体入口和流体出口分别与两个通孔中心对齐且半径相等，巨磁阻芯片底片位于检测区的上表面设有巨磁阻芯片阵列，巨磁阻芯片阵列包括若干巨磁阻芯片，巨磁阻芯片为多层膜结构，且上表面固定待测抗原的捕获抗体。本发明提高了检测灵敏度，且便携性好，更加经济实用，应用前景广泛。