本发明公开了一种利用微生物发酵法制备系列含大豆肽产品的方法。它将大豆或豆粕按一定比例加水浸泡，蒸后冷却，再将发酵菌种接入大豆或豆粕中，将发酵好的大豆或者豆粕中加入去离子水，磨成均匀的浆液，将提取得到的清液喷雾干燥，即得大豆肽粉I；或用柠檬酸溶液清洗发酵豆粒，烘干后，粉碎过筛，制成大豆肽粉II；或将添加辅料发酵的大豆，在烘干前为豆粒包裹调味品生产多种口味的产品。本发明采用微生物发酵技术，无需大豆分离蛋白的提取工艺，具有节能、清洁、工艺简单、易于工业化生产等优势；且大豆经微生物发酵作用后，消除了大豆中胰蛋白酶抑制剂、胀气因子等对人体有害的成分，使大豆制品更利于人体的消化吸收。